Download PDF by Andrea Hansen: Bioinformatik: Ein Leitfaden fur Naturwissenschaftler

By Andrea Hansen

ISBN-10: 3034878559

ISBN-13: 9783034878555

ISBN-10: 3764362537

ISBN-13: 9783764362539

Locker und leicht verständlich geschrieben führt dieser Leitfaden in die Grundlagen und Möglichkeiten der Sequenzanalyse ein.

Das Buch beginnt mit einer Einführung in die wichtigen Sequenzdatendatenbanken am NCBI und EMBL sowie in die wachsende Zahl der Motivdatenbanken. Anschließend werden die einfachsten Methoden des paarweisen Sequenzvergleiches in globalen und lokalen Alignments beschrieben sowie die gängigsten heuristischen Verfahren der Datenbanksuche (FASTA und BLAST). a number of Alignments, Substitutionsmatrizen und die Berechnung phylogenetischer Bäume werden dem Leser nahe gebracht. Neu hinzugekommen sind auch Erläuterungen der Prinzipien der Genomanalyse und der gängigsten Algorithmen zur Genvorhersage. Zu jeder Methode werden Online-Tools im web oder freie software program angegeben.

Das Buch richtet sich an Anwender und Einsteiger in die Bioinformatik, speziell Studenten und Forscher, die sich mit der Sequenzanalyse auseinandersetzen müssen.

Show description

Read Online or Download Bioinformatik: Ein Leitfaden fur Naturwissenschaftler PDF

Best bioinformatics books

Get Lecture Notes in Computer Science, Volume 7833, Evolutionary PDF

This booklet constitutes the refereed complaints of the eleventh ecu convention on Evolutionary Computation, laptop studying and knowledge Mining in Bioinformatics, EvoBIO 2013, held in Vienna, Austria, in April 2013, colocated with the Evo* 2013 occasions EuroGP, EvoCOP, EvoMUSART and EvoApplications. the ten revised complete papers offered including nine poster papers have been rigorously reviewed and chosen from a variety of submissions.

Get Statistical Methods in Bioinformatics: An Introduction PDF

Advances in pcs and biotechnology have had an incredible impression at the biomedical fields, with vast outcomes for humanity. Correspondingly, new parts of chance and information are being constructed particularly to fulfill the wishes of this sector. there's now a need for a textual content that introduces chance and records within the bioinformatics context.

Download e-book for iPad: Bioinformatics Research and Development: Second by Mourad Elloumi, Josef Küng, Michal Linial, Robert Murphy,

This booklet constitutes the refereed complaints of the Second foreign Bioinformatics learn and improvement convention, chook 2008, held in Vienna, Austria in July 2008. The forty nine revised complete papers offered have been rigorously reviewed and chosen. 30 papers are geared up in topical sections via eleven papers from the ALBIO workshop and eight papers from the PETRIN workshop.

Download e-book for kindle: Genome-Wide Association Studies and Genomic Prediction by Cedric Gondro, Julius van der Werf, Ben Hayes

With the exact genomic info that's now turning into to be had, we have now a plethora of knowledge that enables researchers to deal with questions in a number of components. Genome-wide organization stories (GWAS) became an important method of determine candidate areas linked to advanced illnesses in human drugs, creation features in agriculture, and edition in wild populations.

Additional info for Bioinformatik: Ein Leitfaden fur Naturwissenschaftler

Example text

Fur jede Matrix gibt es ein spezielles Alignment, mit ausgewahlten Aminosauren neu berechnet, z. B. fur BLOSUM62 mit Aminosauren, die zu 62 % identisch sind. ~ Je hOher die Zahl der PAM-Matrix, desto niedriger die Ahnlichkeit der Sequenzen. Bei der BLOSUM-Matrix verhiilt es sich genau umgekehrt. 2. 2 35 Dotplot Die einfachste Art eines paarweisen Sequenzalignments ist ein sogenannter Dotplot (Punktdiagramm). Unter einem Dotplot versteht man die graphische Darstellung eines Alignments in einer Matrix.

Sie gingen dabei folgendermaBen vor: Als erstes erst ell ten sie wie fiir einen Dotplot eine zweidimensionale Matrix mit den zu vergleichenden Sequenzen. Jedes Alignment der Sequenzen lasst 4. EINFACHE ALIGNMENTS 42 sich als Pfad durch diese Matrix beschreiben, in der die Paare aus dem Alignment jeweils eine Zelle repriisentieren. 13 ist dies fur drei verschiedene Sequenzen schematisch dargestellt. Needleman & Wunsch beschreiben ein globales Alignment, d. h. sie versuchen, die Sequenzen uber ihre gesamte Lange zu vergleichen.

3) Durch den Verzicht auf affine gap costs ist MEGA BLAST wesentlich schneller (QueIle: NCBI3). DISKONTINUIERLICHER MEGA BLAST: Suchsequenz DNA und Vergleichssequenz DNA-Datenbank. Eine besondere Form des MEGA BLAST ist der diskontinuierliche MEGA BLAST. 1m Gegensatz zum MEGA BLAST wird dieser Algorithmus fUr die Datenbanksuche verwendet, wenn man nach sehr unterschiedlichen homologen Sequenzen in verschiedenen Spezies suchen will. Der groBe Unterschied zum MEGA BLAST und BLASTN liegt in der Indexsuche, in der auch nach ahnlichen Treffern gesucht wird.

Download PDF sample

Bioinformatik: Ein Leitfaden fur Naturwissenschaftler by Andrea Hansen


by Michael
4.1

Rated 4.86 of 5 – based on 14 votes